控制微生物不是消灭微生物，只是将其控制在不引起危害的一定数量之内。控制微生物的数量不是根本目的，主要目的是控制微生物黏泥及其带来的污垢和腐蚀危害。控制好循环水中的微生物有以下原则：
（1）循环水系统中的杀生措施不可缺少。循环水的环境使微生物以成千上万倍的速度繁殖生长。即使补水中微生物很少，循环水中微生物也可能造成危害。
（2）加强补充水的前处理。严防危害物质进入系统，即避免大量微生物、也别是黏泥进入系统，也就是以预防为主。因为浓缩倍数提高后使黏泥浓缩，一旦黏泥危害，很难排出系统。
（3）合理排污。尽力设法将有害物质排出系统。
控制微生物需采取多种方法综合处理。以下是控制的主要方法，可以单独采用，也可以多种方法齐用。
①混凝沉降法：用地表水作为补充水时，一般需经混凝处理。混凝处理的作用是使悬浮物沉淀，降低水的浑浊度。与此同时，细菌、藻片、黏泥、有机物等也能随混凝过程除去一部分。据调查，约可除去微生物的80%以上，异养菌数也可降至103个/ml以下。有机物（化学需氧量，COD）也可除去50%左右。当石灰软化与混凝沉淀同时进行时，水的pH值一般控制在9~11的范围。在此高pH值下，一部分微生物不能适应，而难以生存繁殖。
②过滤法：地面水或地下水一般均经过滤后再补入循环水系统。过滤器在滤除悬浮物的同时，也滤除部分微生物和黏泥。有些厂经考核，原水经混凝沉淀及过滤后，各种均数均减少90%以上。
循环冷却水系统中常进行旁滤处理，旁滤器内装有石英砂。通常将循环系统中的2%~5%的水量通过旁滤器之后再返回系统。旁滤器定期或不定期的进行反洗，将过滤的赃物（悬浮物、微生物、黏泥等）排除系统之外，减少其对系统的危害。反洗水往往很脏很臭，含大量微生物及黏泥。
③化学杀生法：化学杀生法是向循环冷却水系统投加无机或有机的化学药剂，杀死或抑制微生物生长繁殖，从而控制微生物。各种杀生剂以各种方式杀伤微生物。有的能穿透其细胞壁，破坏细胞体内的蛋白质，使微生物死亡。有的能破坏微生物中的酶，使其新陈代谢失调，从而窒息死亡或抑制繁殖。有的阳离子表面活性剂能降低细胞壁的可透性，影响微生物吸收营养物及体内废物的排泄，使微生物死亡。
④电化学处理法：电化学杀菌灭藻并非简单过程，包括物理、化学和生物等多种作用机制与反应历程，是多种因素协同作用的结果。主要涉及如电解氯化、活性基团作用，强电场作用以及强酸强碱性环境等。
（1）氯气
设备阳极产生氯气，氯气溶于水又产生次氯酸。次氯酸能够穿过细胞壁，与原生质反应，与蛋白质上的N原子生成稳定的N-Cl键而造成蛋白质失活。因此，杀菌过程最终由次氯酸完成。为保证氯的杀菌效果，游离氯浓度一般控制在0.5-1mg/L范围内。
（2）自由基
电极表面产生的短寿命中间产物，如·OH、O2-、O3和H2O2等强氧化性物质对细胞造成不可逆的破坏而导致其死亡。此类物质数量难以量化且寿命极短，只存在于电极表面，能够对经过电化学设备的部分循环水起到强烈的杀菌作用。
（3）强电场作用
卫士公司电化学设备技术核心在于实现大电流作用于水体，根据水质恶劣条件，最大可达2000A，常规运行维持在1200A-1500A之间，对防止微生物滋生，全面降低有害物质的生成起到重要作用。
电场对微生物的杀灭作用主要表现在以下几个方面：
1）电场对细胞的机械压缩而产生的不可逆形变会造成细胞死亡。
2）电场改变细胞膜的通透性进而破坏细胞膜的磷脂双分子层和糖膜，改变细胞膜通透性使小分子物质能够自由进出细胞，最终使细胞涨破、死亡。
3）电场干扰细胞的新陈代谢活动。大部分微生物的呼吸作用都有电子转移过程的参与，电场会对该转移过程产生影响，使细胞不能正常地进行新陈代谢而死亡。
（4）强酸、强碱性环境
卫士电化学拥有自主专利、特殊的设备结构，实现循环水交替经过强酸性环境（pH≤3）、强碱性环境（pH≥13）。
（5）催化氧化对营养物质的分解去除
由于采用电化学设备后，不再向水中投加含磷化学药剂，故水中总磷也有一定降低，同时电凝聚过程产生的金属氢氧化物具有强烈的絮凝吸附作用，加速了磷的去除。化学需氧量（COD）和氨氮在电化学的直接和间接氧化作用下得到一定的降低、去除和降解。
电化学杀菌具有高效、持续和作用范围广等特点，电化学处理水量为循环量的5%-10%，即电化学设备可在10小时内对整个循环水系统的水整体处理一遍，电化学设备24小时不间断高效运行，自动化程度高，全面监控循环水运行状态，运行安全可靠，使杀菌灭藻效果作用于整体循环水系统。
控制微生物应采取多种综合措施。例如，冷却塔周围植树种草坪防风沙，冷却塔及水池加盖遮阳光防藻，冷却塔涂料防藻，池底排污排除黏泥，泄露换热器就地排污减少污染等等。这许多措施都是控制微生物的辅助方法。
